為解決結垢、設備腐蝕、微生物滋生、粘泥等問題，在循環水運行中往往需要添加阻垢劑、殺菌劑、除藻劑等，可能造成循環水瞬時污染指標,當循環水排出時,化學需氧量和總磷的增加可能會超標。 因此，前述標準規定排水量包括與生產直接或間接排放的各類廢水（包括生活污水、冷卻廢水、工廠鍋爐和電站排水等）。 據此，原料藥生產企業的間接冷卻水和鍋爐排污水應作為外部廢水處理，通過企業廢水排放口排放。為保證出水穩定達標，一般應歸類為綜合廢水進行收集處理，未添加任何化學品。 如不影響出水達標，可直接排入污水管網。 其他行業的間接冷卻水和鍋爐污水要按照相關排放標準和環境影響批文嚴格管理。
